药学系作为学校的二级单位，是全国食品药品职业教育教学指导委员会副主任委员单位、河北省高职高专生化与药品类教指委副主任委员单位。现开设有药学、药品经营与管理、药品质量与安全、药品生产技术4个三年制专科专业，同时还承担着河北医科大学药学专业专接本的教学任务，所有专业都是根据区域经济及医药产业的发展需要所开设的。其中药学专业是“中央财政支持高等职业学校提升专业服务产业发展能力项目”建设专业、沧州市国民经济发展规划重点建设专业、学校骨干专业。自2014年起，该专业承接了河北医科大学专科接本科学生的教育教学工作。2018年药学专业获批教育部第三批现代学徒制试点专业，并进一步创建了“学习与工作、专业与企业、教室与车间、教师与师傅、学生与员工、教学管理与企业管理”的“六个融合”新型教学模式。目前，我校是沧州地区唯一的药学类专业人才培养基地。我们以药学专业为龙头，药品经营与管理、药品质量与安全、药品生产技术3个专业协同发展布局建设的药学专业群是河北省“双高”专业群、河北省高职教育创新行动计划骨干专业群。目前，我系是沧州地区唯一的药学类专业人才培养基地。
药学系本着“互联共建、双元育人”的原则，积极整合校企资源，重点打造了一支专兼结合、校企“互聘互用、协同育人”的双导师队伍。其中，19名兼职导师均为从实习基地聘任的具有丰富实践经验和一定教学能力的行业专家或技术能手；专业课教师均具有行企业一线工作经历或执业药师资格证。已经初步形成教学能力强、结构合理的专兼结合的教学团队。近三年，团队成员主持省市级课题16项，主参编教材20余部，发表论文30余篇（SCI3篇），申请专利27项（已授权12项），参建药学专业群国家级、省级教学资源库课程8项，主持药学职业教育专业群教学资源库（含子项目21项），主持建设校级精品在线开放课程5门；获全国职业院校信息化教学大赛一等奖1项、二等奖1项、三等奖1项，全国食药行指委教学比赛一等奖1项、二等奖2项、三等奖2项，我校获优秀组织奖；全国食药行指委微课大赛一等奖1项、二等奖5项、三等奖6项，全国职业院校技能大赛教学能力比赛三等奖1项，河北省职业院校技能大赛教学能力比赛二等奖2项，中华医学会教育技术优秀成果奖一等奖1项，河北省第五届高校辅导员职业技能大赛专科组决赛一等奖1项，第二十二届全省教育教学信息化大赛三等奖1项，沧州市科普讲解大赛三等奖1项，学校教学比赛二等奖3项、三等奖2项、优秀奖1项；指导学生获全国职业院校中药传统技能大赛三等奖2项，学生参加全国食药行指委云课堂学习比赛获得二等奖1项，三等奖2项。